Die Mittelschulschulstufe (Klassen 5 – 9) stellt das Bindeglied zwischen der Grundschulstufe und der Berufsschulstufe dar. Sie nimmt die bereits angebahnten bzw. erworbenen kulturtechnischen Grundlagen auf, festigt bzw. vertieft sie und versucht, sie zu erweitern. In den
Partnerklassen arbeiten Klassen der
Grund- und Mittelschule Westerndorf St.Peter und der Philipp Neri Schule im inklusiven Unterricht eng zusammen.
Bei typischen Sachthemen dieser Stufe, wie z. B. Umgang mit Geld, Uhrzeiten, Orientierung in der Lebensumwelt oder Verkehrserziehung, können grundlegende Fertigkeiten im Lesen, Schreiben und Rechnen angewandt werden. Der Weiterentwicklung einer angemessenen Arbeitshaltung kommt besondere Bedeutung zu. Die Schülerinnen und Schüler sollen ausdauernder und belastbarer sowie zunehmend selbstständiger bzw. unabhängiger von der Führung des Lehrers werden.
Das Unterrichtsangebot erweitert sich durch den Fachunterricht (Werken und Hauswirtschaft), der jetzt durch Fachlehrer in Fachräumen durchgeführt wird. Auch im Hinblick auf die soziale und emotionale Entwicklung der Schüler vollzieht sich in der Hauptschulstufe ein Übergang, nämlich vom Kind zum Jugendlichen. Hier gilt es einerseits verständnisvoll mit ersten pubertären Erscheinungen umzugehen, andererseits aber besonderen Wert auf angemessene und sozialverträgliche Umgangsformen zu legen.